L’allongement et la scission du Skymetro font également partie des mesures d’aménagement dans le cadre du projet "Zurich 2010". La séparation des passagers ayant subi un contrôle et des passagers non soumis à un contrôle implique un changement organisationnel au niveau de l’exploitation du Skymetro.
La centralisation des contrôles de sécurité va également de pair avec des modifications pour les passagers en transit. Les passagers en provenance de l’espace Schengen sont considérés, selon les directives de l’UE, comme ayant été suffisamment contrôlés. La plupart des passagers en provenance d'aéroports non-Schengen sont par contre considérés comme n'ayant pas été suffisamment contrôlés et ils doivent être à nouveau contrôlés avant de prendre un vol de correspondance.
Pour contrôler les passagers en transit, des contrôles de sécurité de transit sont aménagés dans le Dock E existant, ainsi que dans le nouveau Dock B. Les passagers en transit en provenance d’un pays extérieur à l'espace Schengen sont soumis à un de ces contrôles à leur arrivée, avant de se rendre à la porte d'embarquement de leur vol de correspondance. Les passagers dont la destination finale est Zurich, de même que les passagers en provenance de l'espace Schengen n'ont pas à se soumettre à nouveau à un contrôle de sécurité.
Pour assurer la séparation des passagers contrôlés et des passagers non contrôlés après la centralisation des contrôles de sécurité, les stations du Skymetro au Dock E et sous l’Airside Center vont être scindées en deux. Les passagers contrôlés seront ainsi automatiquement dirigés dans une zone de la station Skymetro différente de celle vers laquelle seront dirigés les passagers non contrôlés. En empruntant le bon Skymetro, les voyageurs rejoignent le hall de réception des bagages (sortie Zürich) ou la porte d’embarquement de leur correspondance.
Pour compenser les pertes en termes de capacités, les trains du Skymetro ont été allongés, passant de deux à trois voitures.